- Epistolario, 178 buste; corrispondenza di La Pira con Papi, Capi di Stato e di Governo, personalità religiose, della politica e della cultura del mondo intero.
- Appendice all’epistolario, 4 buste.
- Camera dei Deputati, 3 buste: documentazione attinente all’attività di deputato.
- Convegni,1 busta: documentazione relativa a congressi a cui La Pira ha partecipato.
- Inviti ed abbonamenti,4 buste: inviti a manifestazioni ed eventi diversi.
- Sussidi, 3 buste: documentazione relativa a donazioni ed opere di beneficenza.
- Corrispondenza con carcerati, 8 buste conservate fino al 2011 nel Convento di San Marco.
- Richieste di aiuto, 8 buste.
- Corrispondenza con le suore di Clausura, 97 buste: carteggio con molti monasteri di clausura italiani e stranieri, ordinato alfabeticamente per nome di località.
- Appunti manoscritti, 21 buste: appunti di La Pira ordinati cronologicamente, conservati in fascicoli numerati.
- Discorsi e interventi ; scalette, schemi o testi completi.
- Appunti per un testo autobiografico (“In aedificationem corporis Christi”); 1 busta: documentazione manoscritta di La Pira.
- Quaderni, 2 buste: quaderni con appunti autografi di La Pira, ordinati cronologicamente e dotati di elenco di consistenza.
- Diritto Romano per lo più si tratta di appunti per lezioni, manoscritti.
- Fotocopie di documenti significativi usati per la causa di beatificazione, 6 buste: copie di documenti di La Pira usati per la causa di beatificazione.
- Documentazione acquisita dopo la morte di La Pira, 18 buste: materiali sul Professore acquisiti dalla Fondazione dopo la sua morte: lettere mai spedite, copie di lettere inviate (sezione aperta).
- Archivio fotografico: fotografie di La Pira,schedate e digitalizzate per la maggior parte (sezione aperta).
- Archivio audio-video: documentari e interviste a La Pira, schedati e interamente disponibili in formato digitale (sezione aperta).
